Paper Library

不按年份排，按思想排。

年份只告诉你什么时候发的，思想告诉你它解决了哪个问题。按思想排，你会看到同一个问题被反复攻击了三十年，然后突然有一年被解决了。

每篇论文用 Paper 模板 精读，读完在这里留一张卡片。

Foundations

蛋白质设计之所以可能，是因为下面这几篇先成立了。

论文	它确立了什么	状态
Anfinsen 1973 — Principles that govern the folding of protein chains	序列决定结构。整个领域的地基	⚪
Pauling & Corey 1951 — The structure of proteins	α-helix 和 β-sheet	⚪
Dill & MacCallum 2012 — The protein-folding problem, 50 years on	五十年进展的诚实总结	⚪

Design

论文	它确立了什么	状态
Kuhlman et al. 2003 — Design of a novel globular protein fold (Top7)	人类第一次造出自然界没有的 fold	⚪
Dauparas et al. 2022 — ProteinMPNN	深度学习做 inverse folding，成功率碾压能量函数	⚪
Watson et al. 2023 — RFdiffusion	骨架可以凭空生成了	⚪
Cao et al. 2022 — Design of protein-binding proteins from target structure alone	只给靶点结构就能设计 binder	⚪

Prediction

论文	它确立了什么	状态
Jumper et al. 2021 — AlphaFold2	结构预测基本解决	🟡 在读
Marks et al. 2011 — 3D structure from evolutionary sequence variation	共进化能推出空间接触	⚪

Function

论文	它确立了什么	状态
Röthlisberger et al. 2008 — Kemp elimination catalysts by computational design	计算设计酶第一次成功——也暴露了它有多难	⚪
Clackson & Wells 1995 — A hot spot of binding energy	界面上少数残基贡献大部分结合能	⚪
Henzler-Wildman & Kern 2007 — Dynamic personalities of proteins	功能要用动力学解释	⚪

读法

先读 Figure，再读 Abstract，最后才读正文。

如果 Figure 看不懂，说明背景不够——去 Knowledge Base 补，别硬啃。

读完必须回答一个问题：如果我是 Reviewer，我会怎么 reject 它？ 答不上来，说明还没读懂。