Knowledge Base
这一层不是课程，是百科。
课程有顺序，学完就结束。百科没有顺序，只会越长越大。这里的每一个条目都会被终身维护——今天写一句定义，三年后可能是一篇带图带论文带失败记录的长文。
十三个域，对应 Knowledge Map 上的十三个节点。地图负责"它们怎么连"，这里负责"它们是什么"。
域
| 域 | 一句话 | 状态 |
|---|---|---|
| Protein Basics | 氨基酸串成链，链折成形状，形状决定功能 | 🟡 在写 |
| Structure | helix / sheet / loop 怎么拼成一个 fold | 🟡 在写 |
| Folding | 链怎么在毫秒内找到唯一正确的形状 | ⚪ 未开始 |
| Stability | 折叠态只比去折叠态稳定 5–15 kcal/mol | ⚪ 未开始 |
| Dynamics | 结构不是雕塑，是一群不停呼吸的构象 | ⚪ 未开始 |
| Interfaces | 两个蛋白贴在一起的那片面积 | ⚪ 未开始 |
| Binding | 亲和力和特异性是两件事 | ⚪ 未开始 |
| Enzymes | 酶稳定的是过渡态，不是底物 | ⚪ 未开始 |
| Evolution | 自然界的设计算法，跑了 40 亿年 | ⚪ 未开始 |
| Design | 预测的反问题 | ⚪ 未开始 |
| Machine Learning | 从能量函数搬到学出来的表示 | ⚪ 未开始 |
| Diffusion Models | 从噪声里去噪出一个骨架 | ⚪ 未开始 |
| Experiments | 唯一的裁判 | ⚪ 未开始 |
每个条目长什么样
统一用 Concept 模板：
Name
Definition 一句话，不许抄维基百科
Importance 为什么值得占我脑子里的一块地
Analogy 讲给完全不懂的人听
Visualization 一张图
Examples 真实例子，最好是 PDB ID
Common Mistakes 我自己踩过的坑
Papers 必读
Quiz 一道能考住三个月后的我的题
My Notes 写给未来的自己Common Mistakes 这一栏是整个模板里最有价值的。别人的教科书不会写你会怎么错。
已有的笔记
上路之前就已经在写的东西，暂时留在 Notes 里，会逐步迁进来：